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探针合成

【星森林生物】探针是一小段单链DNA或者RNA片段(大约是20到500 bp),用于检测与其互补的核酸序列。双链DNA加热 变性成为单链,随后用放射性同位素(通常用磷-32)、萤光染料或者酶(如辣根过氧化物酶)标记成为探针。 

实验材料 基因 

试剂、试剂盒 转录缓冲液 DTT RNA酶抑制剂 CTP ATP S-UTP 乙酸铵 乙醇 

仪器、耗材 水溶锅 离心机 培养箱 烘箱 

实验步骤 

1.在一个含SP6、T3或T7启动子的载体中,插入目的基因。在编码序列下游酶切使质粒呈线性。DNA以酚/氯0 仿抽提,乙醇沉淀,70%乙醇洗后晾干。以无菌水重溶沉淀至1 μg/μl。 

2.室温配罝如下反应混合液(总体积20 μl): 

(1)4.0 μl 5×转录缓冲液 

(2)0.2 μl 1 mol/l DTT 

(3)60 U RNA酶抑制剂 

(4)1.0 μl 三种10 mmol/l NTP中的每一种 

(5)1.0 μl 1 μg/μl 酶切DNA 

(6)10.0 μl [35S]UTP 

(7)16 U SP6或T7 RNA聚合酶 

(8)37℃温育30 min,再加16 U聚合酶并于37 ℃温育40 min。 

3.在反应混合液中加入:60 U RNA酶抑制剂,20 μl 10 mg/ml 的载体RNA和1.0 μl 酶1,于37℃温育10 min 以 除去摸板。 

4.往反应混合液加入以下液体:0.8 μl 1 mol/l DTT、63 μl 无菌水和10 μl 3 mol/l 乙酸钠,取出1 μl 测定其 cpm/ μl 值。 

5.加36.4 μl 7.5 mol/l的乙酸铵于反应混合液(终浓度2 mol/l)加50~100 μg tRNA载体和272 μl 冷无水乙醇,置 干冰上沉淀10 min,以冷70%乙醇洗沉淀,晾干,需要的话可重复此步。以100 μl 10 mmol/l DTT重溶DNA沉 淀。 6. 确定其 cpm/μl 值,并计算掺入百分比,核糖核酸探针应于2~3天内使用。 (70%到90%的标记掺入,结果可 得70~90 ng 标记的RNA)。



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